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如按阳离子分类，则朱砂、轻粉、红粉等为汞化合物类；磁石、白然铜、赭石等为铁化合物连类；石膏、钟乳石、寒水石等为钙化合物类、雄黄、雌黄、信石等为砷类化合物；白矾、赤石脂等为铝化合物类；胆矾、铜绿等为铜化合物；密陀僧、铅丹等为铅化合物；芒硝、硼砂、大青盐等为钠化合物类；滑石为镁化合物类等。
如按阴离子分类法，则朱砂、雄黄、自然铜等为硫化合物类；石膏、芒硝、白矾为硫酸盐类；炉甘石、鹅管石为碳酸盐类；磁石、赭石、信石为氧化物类；轻粉为卤化物类等。
《中国药典》（2000年版）对矿物药采用的分类方法是根据其所含主要成分的阴离子种类分为“类”，再将化学组成类似，结晶体结构类型相同的种类分为“族”，族以下是“种”。种是矿物分类的基本单元，也是对矿物进行具体阐述的基本单为。本指南接《中国药典》（2000版）对矿物的分类进行描述。
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